서울특별시병원회
병원 in 서울

김진형 진형세무회계 대표

1. 경정청구의 사각지대, 병·의원도 예외 아니다

  우리 세법은 납세자가 잘못 신고한 경우 이를 바로잡을 수 있는 ‘경정청구’ 제도를 두고 있다. 이 제도는 과세표준과 세액이 실제보다 많게 신고되었거나 결손금 또는 환급세액이 실제보다 적게 신고된 경우에 납세자가 과세관청에 정정을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자 권익을 보호하는 장치로 기능해 왔다.

  그러나 그동안 납세의무자가 세액공제를 누락한 경우 세액공제가 늘어나도 납부할 세액이 줄어들지 않으면 경정청구가 받아들여지지 않았다. 개정 전 국세기본법 제45조의2 제1항 제2호는 ‘과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 신고하여야 할 금액에 미치지 못할 때’만을 경정청구 사유로 규정하였고, 대법원에서도 이월세액공제에 대한 경정청구는 허용하지 않는 것으로 판시하고 있었기 때문이다(대법원 2020.4.9. 선고 2019두62352 판결). 세액공제는 당장 적용하지 못하더라도 이월하여 납부세액을 줄일 수 있어서 장기적으로 중요한 요소지만 세액 변동이 없는 한 경정청구를 통해 이를 수정할 수 없었다.

  병·의원을 대상으로 경정청구를 수행할 때 이러한 문제가 더욱 이슈가 되곤 했다. 병원의 경우 적용 가능한 조세특례가 많다 보니 세액공제액이 큰 경우가 많아서 종종 최저한세가 문제 된다. 최저한세란 납세자가 세액공제를 많이 받아 실제 납부세액이 지나치게 낮아지는 것을 방지하기 위한 제도로, 법인이나 개인이 아무리 많은 공제를 받아도 일정 수준 이상의 세금을 반드시 내도록 하는 제도이다. 그런데 세액공제액이 많아 최저한세를 적용받는 병·의원의 경우 누락된 세액공제액을 발견해도 이미 최저한세까지 공제를 적용한 상태이기 때문에 더이상 납부세액을 줄일 수 없다 보니 경정청구가 불가능하여 이를 바로잡을 기회가 없었던 것이다.

2. 이제는 세액공제도 경정청구 대상이다

  2024년 12월 31일 개정된 국세기본법은 이러한 제도의 한계를 보완하기 위해 경정청구 대상을 보다 넓게 인정하도록 규정했다. 개정 조문은 기존의 “결손금액 또는 환급세액”이라는 문구에 “세액공제액”을 포함시켰다. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 결손금액, 세액공제액 또는 환급세액이 세법상 신고되어야 할 금액에 미달하는 경우, 납세자는 경정청구를 통해 이를 정정할 수 있게 된 것이다. 이로써 납세자가 세액공제 금액을 과소신고한 것을 발견하였을 때 납부세액의 변동이 없더라도 경정청구가 가능해졌다. 이는 특히 세액공제 항목이 다양하고 금액이 큰 병·의원 등에게 실질적인 납세자 권리 구제 수단으로 작용할 수 있다.

  또한 이번 개정의 실효성을 높이기 위해 경과조치에 관한 부칙이 들어왔다. 경과규정은 이월하여 공제받는 세액공제액의 경우 5년의 일반적인 경정청구 기한이 경과했더라도 2025년 12월 31일까지는 경정청구가 가능하도록 예외를 허용하였다. 세액공제는 10년 동안 이월하여 공제할 수 있으므로 5년이 지나 경정청구 기한이 만료된 경우라도 여전히 경정청구의 실익이 존재한다. 따라서 기존에 세액공제액이 경정청구 대상이 아니어서 경정청구를 하지 못하고 청구기간이 지나버린 세액공제액이 있는 경우에도 구제의 기회를 부여한다는 점에서 매우 긍정적인 조치로 평가된다.

3. 경정청구 가능 여부, 재검토가 필요하다

  이번 개정으로 병·의원과 같이 다양한 세액공제가 많이 발생하는 경우, 과소신고된 세액공제액을 바로잡고 이를 정정할 수 있는 기회가 생겼다. 이제 병·의원에서는 이월세액공제액이 장기간 이월되기 전에 과소신고된 세액공제액을 확인하고 경정청구를 통해 이를 정정하는 것이 중요하다. 실무자들은 우선 과거 신고 내역 중 세액공제액이 실제보다 적게 기재된 경우가 있는지를 다시 살펴야 하며, 특히 이월공제가 가능한 항목의 누락 여부에 대해서는 보다 면밀한 검토가 필요하다. 더불어 과거 납부세액의 변동이 없어 경정청구가 받아들여지지 않는다는 이유로 청구 자체를 시도하지 않았다면 이제 새로운 개정 조항에 따라 경정청구가 가능한지 선제적으로 판단하고, 해당되는 건에 대해서는 법정기한 내 청구 절차를 밟아 미래 납부세액을 줄일 수 있다.

  다만 경정청구는 세법 해석과 적용에 대한 전문적인 이해가 요구되는 절차로, 실질적으로 세액에 영향을 미치는 요소를 정확히 파악하고, 관련 법령과 판례를 바탕으로 타당한 근거를 과세관청에 제시하고 소명해야 한다. 청구서 작성이나 입증자료 준비 과정에서도 세무전문가의 경험과 지식이 큰 차이를 만든다. 특히 개정법에 따라 2025년 12월 31일까지는 한시적으로 청구기간이 지난 세액공제액에 대해서도 경정청구를 할 수 있으므로, 해당 사항에 대해 경정 전문 세무대리인의 조언을 받으며 철저히 검토해야 한다. 적극적인 재검토와 전문가와의 협업을 통해 그간 놓쳐온 세액공제 혜택을 회복할 수 있는 기회라는 점을 유념해야 한다.

세 줄 요약

  1. 최근 세법 개정으로, 이미 최저한세까지 공제를 적용해 더 이상 납부세액을 줄일 수 없는 경우에도 누락 세액공제에 대한 경정청구가 가능해졌다.

  2. 세액공제는 10년 동안 이월하여 적용할 수 있으므로 이는 특히 병·의원에서 이월공제를 통해 미래 세 부담을 줄일 수 있는 중요한 기회이다.

  3. 2025년 12월 31일까지는 5년 기한이 지난 건도 한시적으로 경정청구 가능하므로, 전문가와 상담하여 과거 신고 내역을 재검토 할 것을 적극 권장한다.